自然周期冻胚植入的内膜准备方式和人工周期正好相反。
在自然周期中的关键反而是要“准确的排卵”，然后利用身体分泌的雌激素和黄体酮让内膜自然转换成可以接受解冻胚胎植入的状态。
胚胎冷冻储存
自然周期准备内膜的步骤
第一步：进入自然周期前得先和医生确认排卵监测方式。一般为超声测量卵泡大小和抽血查LH/E2/P4值。如果月经规则（=规律排卵），则相对排卵日会较容易预估；如果排卵不规则（多囊卵巢、卵巢功能不好者）则较难预估，此时可以考虑是否使用口服促排卵药或甚至促排卵针来诱导卵巢排卵才能进行自然周期植入。
此时使用促排卵药/针剂的目的是为了让排卵前的内膜增厚以及排卵后的内膜黄体化作用，而不是为了取卵，所以药物剂量相对较低。因为只要有1-2颗卵子正常排出后身体即会自行产生足够的雌激素和黄体酮。
第二步：一样在月经第2-3天回院报到，抽血看血清激素的数值和超声检查。此时回诊主要目的为记录此周期的原始状况，作为监测后续变化的依据。
第三步：第2次回诊一般会在月经的第9-10天，一样抽血和做超声检查。此时应该会有一个大致排卵的日期。
第四步：第3-4次回诊时应该卵泡已接近排卵期（优势卵泡大小1.8~2.0cm），此时有两种选择：
1、纯自然周期：持续每日以超声检查和血清激素监测至“卵泡消失日”（=取卵日/Day0）。所以如果是Day5冷冻囊胚，植入日就会在卵泡消失日的五天后。
2、半自然周期：注射hCG破卵针（夜针），并以注射后36小时之后当作“模拟”的排卵日（=取卵日/Day0）。所以如果是Day5冷冻囊胚则是在打破卵针后的第七天进行植入。
试管婴儿胚胎
自然周期的优缺点
优点：在自然周期期中因为有排卵，身体会自行分泌帮助胚胎着床的激素，所以在植入后理论上是不用再额外补充的~，不过因为部分准妈妈还是有潜在黄体酮分泌不足的状况，所以大多数医生还是会建议适量的黄体酮补充~
缺点：和人工周期相比，自然周期就无法调整植入的日期，因为植入日会完全由身体排卵日来决定。另外，自然周期中如果无法确定排卵的日期，医生通常就会取消这次植入以避免胚胎-内膜不同步而影响着床率。
